בחלקו הצפוני של המתחם ההוספיטלרי, בצמוד לחומת דאהר אל עומר, נבנה בית הכלא הטורקי. מבין אסיריו המפורסמים ניתן לציין את זאב ז'בוטינסקי ואת נביא הכת הבהאית בהא-אולה. בימי המנדט הבריטי נכלאו בו רבים מאנשי המחתרות לח"י, אצ"ל וההגנה.
להרחבה – ראה מוזיאון אסירי המחתרות.
בתמונה מימין למטה: אסירים יהודים בכלא עכו, 1947, ארכיון ההגנה 

   ז'בוטינסקי בכלא עכו, 1920 – יוצר לא ידוע

                                                                                                               
בתמונה מימין: חצר כלא עכו, מאוסף ערי
גלס 1957