מפת מוזיאון אסירי המחתרותהמפה הסכמתית כוללת את האגפים הבאים:
המבצר העתיק – זהו בורג' אל חאזנה בחומת דאהר אל עומר
אגף מגורי היהודים – בחלק מן התאים התרכזו הבורחים לקראת הפריצה והבריחה ב- 4 במאי 1947
החפיר – זהו החפיר שמפריד בין חומת דאהר אל עומר (הפנימית) לבין חומת אל ג'זאר (החיצונית).
חצר הכלא – מפלס החצר נבנה מעל החצר של המצודה הצלבנית. בעת חפירות ארכיאולוגיות שוקם ונשמר רק חלקו המזרחי של מפלס החצר.
תאו של ז'בוטינסקי – באגף זה מונצחת פעילותם של זאב ז'בוטינסקי ושל ארגוני המחתרת אצ"ל, לח"י וההגנה.
תאו של בהא-אולה – בפינתו של האגף נכלא בשנת 1870 בהאול'לה, מייסד הכת הבהאית.
מן החלון הדרומי נראה מתחם זאווית שאזלייה.
נקודת הפריצה לכלא – ביום 4 במאי 1947 נכנסו המשחררים אל החמאם, ניטרלו את השוהים בו ועלו אל גג בית המרחץ. מכאן הגיעו אל הקיר הדרומי של מתחם הכלא הבריטי, פוצצהו ושחררו אסירים רבים.