הכנסייה משתייכת לזרם הקתולי בנצרות, ומכאן גם נגזר שמה בערבית דיר א-לאטין (מנזר הלטינים). בשנת 1217, בשיא התקופה הצלבנית בעכו, הוקם בעיר המנזר הפרנציסקאני הראשון, ושנתיים לאחר מכן ביקר בו מייסד המסדר, פרנציסקוס מן העיר אסיזי באיטליה.
הכנסייה, כמרבית המבנים הצלבניים-נוצרים בעיר, הוחרבה על ידי הכובשים הממלוכים בסוף המאה ה-13. רק באמצע המאה ה-16 נרכשו בחאן אל אפראנג' הסמוך מספר חדרים עבור צליינים מבני המסדר. בשנת 1620, בימיו של פאח'ר א-דין השני (מושל מקומי ממוצא דרוזי, שהיה ממונה על עכו והמחוז מטעם השלטון העות'מאני בתחילת המאה ה-17) ניתן לפרנציסקאנים היתר להקים לעצמם כנסייה חדשה, כאכסניית קבע לבני עדתם. הכנסייה צמודה לקיר הצפוני של חאן אל אפראנג' וניכרת בצריח הפירמידלי המחודד (סגנון גותי) שצבעו האדום-דהוי מייחד אותו משאר צריחי העיר. בתקרת המבנה ובצריח נעשה שימוש בעץ ארז הלבנון.
סמל הכנסייה כולל חמישה צלבים, מפני שבמאה ה- 16, עת נבנתה הכנסייה לראשונה, העולם נחשב שטוח. הצלב המרכזי מסמל את ארבע רוחות השמיים וארבעת הצלבים הקטנים מסמלים את פצעי ידיו של פרנציסקוס. סמל זה נקרא Cosmic Cross. בסמל מופיעות גם שתי ידיים: יד אחת של ישוע ויד שנייה של פרנציסקוס הקדוש. לפי אמונתם, שנתיים לפני מותו של פרנציסקוס ארע נס, ועל כפות ידיו הופיע חור מדמם כמו בידיו של ישוע.
גובהו של מבנה הכנסייה קצת מטעה: המבנה מחולק לשלוש קומות: למטה הכנסייה, מעליה אולם המעבדות של בית הספר ובקומה העליונה ספריית בית הספר.
שלוש התמונות המוצגות משמאל נמצאות בתוך הכנסייה:
1. אחד האתרים במסלולו של ישו בוִיה דולורוזה.
2. ביקורו של פרנציסקוס בעכו בשנת 1219.
3. ביקורו של פרנציסקוס אצל הסולטן המצרי אלמלך אלכאמל בשנת 1229.
בתמונה הרביעית: תבליט סמל מסדר "האחים הקטנים
" (ORDO FRATRUM MINORUM) והסטיגמטה.
בתמונה הרביעית: תבליט סמל מסדר "האחים הקטנים
" (ORDO FRATRUM MINORUM) והסטיגמטה.
למעלה: תמונות צריח הכנסייה הפראנציסקנית בעכו. באדיבות הצלם אלון בן איבגי
למטה:ח'אן אל אפרנג' ובית הספר טרה סנטה.
למטה:ח'אן אל אפרנג' ובית הספר טרה סנטה.
ביקור פרנציסקוס אצל הסולטן המצרי אלמלך אלכאמל, 1229
ביקור פרנציסקוס בעכו, 1219
ביקור פרנציקוס בעכו
